Основната цел на Националния иновационен фонд е да насърчава научноизследователската и развойната дейност за повишаване конкурентоспособността на предприятията.
Фондът насърчава разработването на иновации по научноизследователски и развойни проекти, като финансира иновации, които не достигат до пазара.
За целите на Правилата за управление средствата на Националния иновационен фонд, „иновацията“ е нов продукт/услуга или технология или значително подобрен продукт, услуга или технология, които биха създали пазарни предимства и повишили конкурентоспособността на предприятията.

Изпълнителна агенция за насърчаване на малките и средните предприятия администрира единствено Националния иновационен фонд и няма други отворени за кандидатстване програми в тази област.